من المهم بناء خطة تنفيذية لتطبيق السجلات الصحية الالكترونية وذلك لتحديد المهام الصحيحة المراد انجازها، بحيث تكون خطة واحدة فعالة ومخصصة للفريق المشارك في عملية التغيير لتقسيم هذه المهام كما يلي :
• ما هي المهام أو العمليات الجديدة التي سنبدأ بها ؟
• ما هي المهام أو العمليات التي سنتوقف عن القيام بها ؟
• ما هي المهام أو العمليات التي سنحتفظ بها ؟  
و لمساعدة الفريق على تحديد أولويات المهام في تنفيد الخطة الشاملة للسجلات الصحية الالكترونية وتوضيح بيئة العمل يجب تحديد موعد بدء الخطة وموعد الانتهاء كما أنه من الأهمية بمكان التحفظ على بعض الامور التي قد تعرقل التطبيق في مراحله الأولية وتأجيلها إلى حين.
 خطوات مراحل التخطيط :
هنا بعض الخطوات التكتيكية التي تحدث عادة خلال مرحلة التخطيط لتنفيذ السجلات الصحية الالكترونية أهمها ما يلي:
1. تحليل ورسم سير المهام أثناء التطبيق العملي لمختلف المهام اليومية داخل المؤسسة الطبية (الحالة الراهنة ).
2. رسم كيفية تمكين سير العمل الصحي EHR، وإنشاء أنماط سير عمل جديدة لتحسين الكفاءة أو العمليات (الحالة  المستقبلية).
3. وضع خطة للطوارئ – أو خطة احتياطية - للقضايا التي قد تحدث جدلا خلال عملية التنفيذ.
4. إنشاء خطة مشروع للانتقال من الورق إلى EHR ، وتعيين شخص لإدارة خطة المشروع.
5. وضع خرائط تدفق البيانات، لتحويل المعلومات من الخرائط الورقية إلى الخرائط الإلكترونية، وتحديد عناصر البيانات التي سوف نحتاج إدخالها فيEHR  الجديد كما يمكن مسح بعض البنود ضوئيا.
6. دراسة إمكانية إدخال بعض أنواع البيانات السابقة الى النظام الجديد بعد اكتمال تطبيقه.
7. تحديد المخاوف والعقبات فيما يتعلق بالخصوصية والأمن ووضع خطة لمعالجتها كما أنه الضروري التأكيد على أهمية الخصوصية والأمان عند الانتقال إلىEHR.