يعتبر اختيار نظام السجل الصحي الإلكتروني قرارا حاسم ومهما يحتاج لتخطيط كبير،و تختلف الآراء بشأن الوقت المناسب لاختيار نظام السجل الصحي الإلكتروني في مرحلة التخطيط حيث أن البعض يطورون معايير الاختيار الذي يرغبون في استخدامها من خلال عملية التخطيط والبعض الآخر يبدؤون باختيار نظام السجل الصحي ثم يجرون تخطيط لدعم هذا النظام، كما أن معظم المهتمين يضعون خطة أولية لتحديد أهدافهم الرئيسية، وتحديد نظام السجل الصحي الإلكتروني التي يدعم هذه الأهداف، ومن ثم وضع اللمسات الأخيرة لخطتهم بعد التحديد.
بعد إنشاء المصحة أو المستشفى لأهدافها والتخطيط لكيفية تأثير السجلات الصحية الالكترونية على سير العمل، يمكن لقيادة الفريق والموظفين تحديد ما يمكن البحث عنه واختيار نظام السجل الصحي الإلكتروني. وفي ما يلي عدة اعتبارات للمقارنة كما يلي :
- فهم هل يتوفر بالمنتج الاحتياجات الاساسية التي تبحث عنها، كما أنه من المهم معرفة الاحتياجات التي يريدها منتج السجل الطبي الالكتروني لكي يساعدك في تطبيق النظام والاستفادة من منتجه.
- توضيح التسعيرة قبل اختيار نظام السجل الصحي الإلكتروني ( الأجهزة والبرمجيات والصيانة وتكاليف الترقية، الخيارات المدفوعة على مراحل، تكلفة الاتصال وتبادل المعلومات الصحية، تقارير الجودة حسب الطلب وما إليه......).
- تحديد مدة دعم التنفيذ (المبلغ ، الجدول الزمني  الخ ...).
- توضيح الأدوار والمسؤوليات والتكاليف لاستراتيجية نقل البيانات من الملف الورقي الى الملف الالكتروني. انتقاء البيانات أو مقدار البيانات التي يمكن أن تؤثر على سهولة الانتقال.
- خيارات السيرفر (على سبيل المثال، سيرفر العميل، مزود بخدمات التطبيقات (ASP )، البرمجيات كخدمة  SAS)) وما يساندها.
- القدرة على الاندماج مع غيرها من المنتجات (على سبيل المثال، برامج إدارة المعامل، ونظم الفواتير، جهات الصحة العامة).
- قدرات الخصوصية والأمان والتخطيط احتياطي.
- توفير مكافآت للعاملين من أطباء وغيرهم لتشجيع تطبيق السجل الطبي الالكتروني.
- استقرار الشركة الموفرة للنظم.
- النظر في تكاليف استخدام مستشار قانوني لمراجعة العقود.